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隨著安溪移民來台，清水祖師的信仰在台灣也蓬勃發展，尤以台北地區最盛。
清水祖師幼年時，即在大雲院出家，遍訪名山後，居於永春縣，以「道行精嚴」聞名閩南。宋神宗元豐六年（1083年），清水祖師被素仰其道行的劉公銳請到安溪求雨，非常成功。故當地百姓極力挽留之。於是清水祖師定居安溪，而劉公銳慨然捐出大筆土地，在「張巖」建庵。祖師見「張巖」之「清泉不竭」，便改張巖之名為清水巖。而清水巖之庵本為草庵，多賴清水祖師和徒弟楊道、周明等幾度拓展，終於開拓寺宇。故日後奉祀清水祖師之寺剎，多名為「清水巖」，如艋舺清水巖等。

清水祖師熱心於公益事業，多次募捐款項，號召造橋鋪路，一生興建過幾十座橋樑。並且醫道高明，常常施藥救助人民。閩南一帶人士皆相當崇敬。
宋徽宗建中靖國元年（1101年）五月十三，清水祖師圓寂於清水巖。安溪縣民感激清水祖師，故加以奉祀。從此，清水祖師成為安溪縣民信仰最誠的地方神祇。

清水祖師的功績主要如下：
造橋：造橋鋪路，便民甚多。清水祖師於永春「勸造橋樑數十」。到了安溪，又募捐勸造通泉橋、谷口橋、汰口橋等。清水祖師一生募捐，修造幾十座橋樑，對民眾生活、行動幫助極大，自然得到民眾的感佩。
施藥：所謂救人一命，勝造七級浮屠。施藥活人，是極大的善舉。清水祖師以其高超之醫術，在瘴癘之氣盛行的閩南一帶，救治了不少患病的民眾，而患者無不感激、愛戴。
求雨：一般人認為，普通人不能掌握自然現象，如下雨與否，唯有神聖，方能成之。但清水祖師在世時，就已經屢次祈禱成功，讓蒼天降下甘霖，被認為有功於解決多次的旱災。也因為求雨屢次的成功，被視為神蹟，清水祖師也被賦予相當的神秘色彩。

真真人
傳說南宋時，泉州知府真德秀，乃程朱理學名儒，以清廉自居，向來不喜勞民傷財。泉州大旱時，在幕僚、官民不斷建議之下，方不得已率眾舉行祭典，向清水祖師求雨，並在清水祖師神像下方堆滿紙錢，意思暗示若求雨不成，即要燒毀神像。
祭祀完畢，立刻下起大雨，而且還飄落一片梧桐葉，上面寫著四句詩：「雨是江西雨，移來泉州府，老佛若無靈，渾身成火灰。」意思是清水祖師施展法力，將本來江西應該下的雨，挪到泉州來抒解旱災。如果清水祖師我不能靈驗，可能就要被你知府真德秀燒成灰燼。

真德秀為感謝神威，於是在祖師廟「真人」之匾額之上，添上其姓氏「真」，成為「真真人」，其意為誇獎清水祖師是「真人」之中的「真人」。從此，真德秀篤信清水祖師。
據說，安溪祖師廟第十支首籤詩：「火發連天炎，嶺危去路難。若無天降雨，禍福在人間。」就是在講真真人這個故事。

烏面祖師
關於此傳說有二：
傳說中，安溪清水巖是塊福地，適合修道。而祖師初居清水巖，遇到原先佔據此地的四個山鬼，趙、王、蘇、李四大將來挑戰，明言此地為其所據，要求祖師離開。清水祖師於是與他們鬥法，四大將失敗逃離，卻在夜半回到清水巖來，把出口悉數封死，縱火燒山，連燒了七天七夜，就正當四大將歡欣鼓舞，自度清水祖師已死，要重新佔據清水巖時，卻發現清水祖師無恙端坐，只是臉被燻黑了。從此四大將心悅誠服，成為清水祖師的護法神。而清水祖師的塑像，其面部也必為黑色。

祖師未曾出家之前，嫂嫂臨盆生產，無法炊事，請祖師上山砍柴。但不久後，嫂因看見沒有柴薪，而火依舊燃燒，不由得大吃一驚，方知祖師以己身為柴薪，嫂欲將祖師拉起，不料祖師身陷火中，祖師出灶後，安然無恙，唯煙燻黑祖師面孔。

落鼻祖師
傳說中艋舺祖師廟的有一座清水祖師神像非常靈驗，每次只要有天災、人禍，祖師神像的鼻子或下巴就會掉落，以向信徒示警，信眾皆稱之「落鼻祖師」或「落鼻祖」。後來清法戰爭時，法軍進犯淡水，於是淡水祖師廟將落鼻祖師神像借去淡水，助長神威，事後卻不歸還，導致艋舺與淡水兩派信徒之間的紛爭。淡水方面，則說此神像本是淡水信徒所有，是艋舺祖師廟借去遊行轄境的。在兩派紛爭的結果之下，於是由艋舺與淡水輪流奉祀。

落鼻祖師的正名又稱為「蓬萊老祖」，終年接受上百個宮廟、聚落（迎請地域轄台北縣市、基隆市、宜蘭縣、桃園縣）以及私人民宅所迎請，由於其鼻子不定時於廟中或各迎請單位中掉落，衍生了許多傳奇性的落鼻故事，譬如鼻子會化作蟬黏在樹上，並且發出蟬的叫聲等情節，落鼻祖師的故事也出現在許多童話故事的文本，使得落鼻祖師的傳說故事不僅僅充滿神秘性，而且擁有許多趣味性。另一方面，落鼻祖師由於全身均是沈香木所雕成，沈香木在中藥學來說，具有許多實質的療效，因此又被稱為「藥祖祖師」，有著許多治病的神蹟流傳。

最後，值得注意的是，臺灣北部有許多宮廟神壇模仿其落鼻造型，而雕塑許多清水祖師分身，諸如：臺北縣瑞芳鎮龍巖宮、臺北縣瑞芳鎮忠仁廟、臺北市北投區稻香里集應廟、臺北縣汐止市忠順廟、臺北縣汐止市濟德宮、臺北市北投區山腳廣福宮、臺北縣新莊市如意堂等~